包含cafelugo的词条

今天给各位分享cafelugo的知识，其中也会对进行解释，如果能碰巧解决你现在面临的问题，别忘了关注本站，现在开始吧！

本文目录一览：

• 1、依恋公司有哪些品牌
• 2、基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）
• 3、mccoffee是什么咖啡店
• 4、gerolamo是什么牌子
• 5、有谁有cafe lugo的一些相关介绍吗？它和Starbucks还有Costa有什么不同吗？
• 6、cafe lugo起源哪个国家

依恋公司有哪些品牌

ASHLEY、BODY POPS、CELDEN、COLE HAAN、DECO、E·LAND、MIXXO、Modern House、

FOLDER、ROEM、COCCINELLE等等。

1、ASHLEY

是韩国著名自助餐厅品牌，以传统牛排和沙拉为特色。

2、BODY POPS

2006年2月24日创立于韩国，并于12月23日进入中国。

3、CELDEN

法式高雅童装品牌CELDEN，主打的是法式风情。CELDEN致力于打造适合4-11岁的儿童在各类场合穿着的 *** 休闲正装服饰。 CELDEN童装布料大多以粉红、粉蓝或白色等 *** 可爱的单色为主。

4、COLE HAAN

品牌于1928年在美国芝加哥成立，代表美国精神的生活方式品牌。

5、DECO

成立于1978年，2011年，DECO正式进军中国，陆续在国内一线高档百货店开设专柜。DECO致力于为25~30岁左右女性提供简约、时尚的服装风格。

扩展资料：

发展历史：

1994年，进入韩国唯一的2001OUTLET流通行业。

1996年，E∙LAND品牌在上海东方商厦开出之一家专卖店。

2001年，SCOFIELD女装品牌进驻中国。

2003年，E∙LAND KIDS品牌进驻中国。

2004年，SCOFIELD男装、TEENIE WEENIE和EBLIN三个品牌进驻中国。

2005年，ROEM品牌进驻中国。荣获2005年衣恋集团全球法人评比“更高进步奖”。

2006年，PAW IN PAW、 PRICH、 BODY POPS品牌进驻中国。

2007年，衣念（上海）时装贸易有限公司成立。

2008年，PLORY、WHO.A.U品牌进驻中国。

2009年，童装品牌CELDEN进驻中国。

2010年，女装品牌ENC、GEROLAMO进驻中国。

2011年，成立旅行事业部，获得NEW BALANCE（中国）经营 *** 权，与KATE SPADE母公司。合作经营，进军奢侈品市场。

2012年，收购意大利品牌MANDARINA DUCK，COCCINELLE。

2013年，食品事业CAFE LUGO，ASHLEY开店，Global快时尚品牌MIXXO和SPAO开店。

2014年，6月获得韩国驻上海领事馆颁发的社会奉献大奖。

2015年，成立新成长本部。奢侈品 *** 店Luxury Gallery一号店开业。

参考资料来源：

THE E·LAND GROUP官网-衣恋旗下品牌

THE E·LAND GROUP官网-集团历史

基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）

首先，选取不同物种的Protein数据集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan.fa；Durio_zibethinus.fa；Prunus_persica.fa； Vitis_vinifera.fa；Citrus_clementina.fa；Citrus_sinensis.fa；Diospyros_oleifera.fa；Malus_domestica.fa；Oryza_sativa.fa；Pyrus_communis.fa

然后进行数据处理，去冗余，只保留最长转录本，去除可变剪切：

python3 removeRedundantProteins.py -i input.fa -o output.fa

removeRedundantProteins.py

将处理好的数据置于一个文件夹中“Dataset”

OrthoFinder这个软件，之前有一篇文章已经介绍过了，这里就不在赘述，这个软件安装十分友好，直接conda安装即可；

nohup orthofinder -f Dataset -M msa -S diamond -T iqtree -t 24 -a 24 2 orthofinder.log

orthofinder参数详情：

-t 并行序列搜索线程数（默认= 16）

-a 并行分析线程数（默认值= 1）

-M 基因树推断 *** 。可选：dendroblast和msa（默认= dendroblast）

-S 序列搜索程序（默认= blast）选项：blast，mmseqs,，blast_gz，diamond（推荐使用diamond，比对速度很给力）

-A 多序列联配方式，需要添加参数-M msa时才有效；（默认= mafft）可选择：muscle，mafft

-T 建树 *** ，需要添加参数-M msa时才有效，（默认 = fasttree）可选：iqtree，raxml-ng，fasttree，raxml

-s 文件 可指定特定的根物种树

-I 设定MCL的通胀参数（默认 = 1.5）

-x Info用于以othoXML格式输出结果

-p dir将临时pickle文件写入到dir

-l 只执行单向序列搜索

-n 名称以附加到结果目录

-h 打印帮助文本

如果只需要查找直系同源基因，只需接“-f” 参数即可；此步也可建树，采用默认的建树 *** fasttree，为无根树。

nohup orthofinder -f Dataset

如果添加-M msa -T iqtree设定制定参数，可按照设定的参数使用更大似然法构建有根的物种进化树，构建的树为STAG树。

nohup orthofinder -f Dataset -M msa -S diamond -T iqtree -t 24 -a 24 2 orthofinder.log

关于构建系统进化树，有很多种做法，常见的有利用物种全部的蛋白序列，构建STAG物种树；也有使用单拷贝直系同源基因构建的物种进化树，关于这一点，OrthoFinder查找同源基因，可以输出直系单拷贝同源基因的序列结果，后续也可使用其他构树软件及算法进行进化树构建。关于建树 *** ，则有距离矩阵法、更大简约法、更大似然法以及贝叶斯；当然目前主流采用的基本为更大似然法和贝叶斯，其中贝叶斯算法计算量巨大，耗时最久，其构建的树也认为最为“逼真”，但文章中使用较多的还是更大似然法，其耗时也需蛮久。

OrthoFinder输出的结果会在OrthoFinder文件夹下面的以日期命名的文件夹中，如：~/OrthoFinder/Results_May08

其中，我们可以用Orthogroups.GeneCount.tsv来作为CAFE的输入文件，分析基因家族的扩张与收缩；使用SpeciesTree_rooted.txt作为推断的物种树，并使用r8s，从中提取超度量树（ultrametric tree）即时间树；

python cafetutorial_prep_r8s.py -i SpeciesTree_rooted.txt -o r8s_ctl_file.txt -s 6650255 -p 'Oryza_sativa,Arabidopsis_thaliana' -c '152'

参数：

-i path_tree_file: path to .txt file containing tree in NEWICK format

-s n_sites: number of sites in alignment that was used to infer species tree

-p list_of_spp_tuples: list of tuples (each tuple being two species IDs whose mrca's age we are constraining; e.g., [('ENSG00','ENSPTR'),('ENSFCA','ENSECA')]

-c list_of_spp_cal_points: list of flats, one for each tuple in list_of_spp_tuples (e.g., [6.4,80])

-s 即用于推断物种树的比对序列碱基数目；

-p 已知物种树中的一对物种；

-c 已知一对物种的分化年限：

可在 timetree 网站查询：为152 mya

conda install cafe

cafetutorial_clade_and_size_filter.py

vim cafetutorial_run.sh

tree即为r8s提取的超度量树；

python cafetutorial_report_ *** ysis.py -i reports/report_run.cafe -o reports/summary_run

summary_run_node.txt：统计每个节点中扩张，收缩的基因家族数目；

summary_run_fams.txt：具体发生变化的基因家族

python3 /home/Tools/CAFE_fig/CAFE_fig.py resultfile.cafe -pb 0.05 -pf 0.05 --dump test/ -g svg --count_all_expansions

输出svg格式的文件，可导入AI编辑美化；

CAFE_fig运行报错：（module 'ete3' has no attribute 'TreeStyle'）

报错解决：

vim /home/Tools/CAFE_fig/CAFE_fig.py

程序还在运行，后续贴出结果图。

OrthoFinder

timetree

r8s

【OrthoFinder】

Emms, D.M., Kelly, S. OrthoFinder: solving fundamental biases in whole genome comparisons dramatically improves orthogroup inference accuracy. Genome Biol 16, 157 (2015) ( )

Emms, D.M., Kelly, S. OrthoFinder: phylogenetic orthology inference for comparative genomics. Genome Biol 20, 238 (2019) )

【CAFE v.4.2.1】

Han, M. V., Thomas, G. W. C., Lugo-Martinez, J., and Hahn, M. W. Estimating gene gain and loss rates in the presence of error in genome assembly and annotation using CAFE 3. Molecular Biology and Evolution 30, 8 (2013)

【iqtree v. 1.6.12】

Lam-Tung Nguyen, Heiko A. Schmidt, Arndt von Haeseler, and Bui Quang Minh (2015) IQ-TREE: A fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum likelihood phylogenies. Mol Biol Evol, 32:268-274.

【modelFinder】

Subha Kalyaanamoorthy, Bui Quang Minh, Thomas KF Wong, Arndt von Haeseler, and Lars S Jermiin (2017) ModelFinder: Fast model selection for accurate phylogenetic estimates. Nature Methods, 14:587–589.

【R8s v. 1.81】

Sanderson M J. R8s: inferring absolute rates of molecular evolution and divergence times in the absence of a molecular clock. Bioinformatics, 2003, 19(2): 301-302.

【STAG tree】

Emms D.M. Kelly S. STAG: Species Tree Inference from All Genes (2018), bioRxiv

直系同源低拷贝核基因（orthologous low-copy nuclear genes, LCN）：在进化过程中，新基因通常来自事先存在的基因，新基因的功能从先前基因的功能进化而来。新基因的原材料来自基因组区域的重复，这种重复可包括一个或多个基因。作为物种形成的伴随事件而被重复，并继续保持相同功能的基因，称为直系同源基因（orthologous）。新的基因功能可由在单个物种的基因组中发生的重复引起的。在一个基因组内部的重复导致旁系同源基因（paralogous gene）。

更大似然法（maximum likelihood method）：使用概率模型，寻找能够以较高概率产生观察数据的系统发生树。

外群的选择：大多数的种系发生重建 *** 会产生无根树，但是观察树的拓扑结构无法识别树根应在哪一分支上。实际上，对于要证实哪一个分类单元的分支先于其他的分类单元，树根必须确定。在无根树中设定一个根，最简单的 *** 是在数据集中增加一个外群（outgroup）。外群是一种分类操作单元，且有外部信息表明外群在所有分类群之前就已分化。研究演化历史，一般选择比目标序列具有较早进化历史的序列作为外类群。

Bootstrap support: bootstrap是统计学上一种非参数统计 *** ，通过有放回的随机抽样，构建分类回归树。Jackknife与bootstrap类似，只是每次抽样时会去除几个样本，像小刀一样切去一部分。所谓bootstrap法就是从整个序列的碱基（氨基酸）中任意选取一半，剩下的一半序列随机补齐组成一个新的序列。这样，一个序列就可以变成许多序列，一个序列组也就可以变成许多个序列组。根据某种算法（距离矩阵法、更大简约法、更大似然法），每个多序列组都可以生成一个进化树。将生成的许多进化树进行比较，按照多数规则（majority-rule）就会得到一个最“逼真”的进化树。

mccoffee是什么咖啡店

这个是百胜旗下麦当劳(中国)快餐，一个致力于打造星巴克模式的麦当劳独立咖啡品牌，其名中文名称为麦.咖啡，这个主要销售以意式浓缩花式咖啡和甜品为主，不同于麦当劳快餐内的咖啡(麦当劳快餐咖啡只有美式滴漏咖啡)，同时也不提供汉堡，薯条这类的快餐，可以说麦.咖啡是真正咖啡类快餐店和星巴克，costa，香啡缤，CAFE LUGO，甜暖我心一样的咖啡快餐销售模式。

gerolamo是什么牌子

gerolamo是韩国衣恋旗下的一个成衣品牌。

衣恋在中国：

中国衣恋集团（E·LAND CHINA） 作为衣恋集团全球化战略的重要组成部分，成立于1994年，总部设在上海。集团旗下品牌已超过40个，在全国百余座大中城市拥有超过7000家卖场。自2010年起，中国衣恋又相继引入零售、餐饮、旅游等事业部，核心事业不断扩张。

扩展资料：

集团历史：

2015年，成立新成长本部。

2014年6月，获得韩国驻上海领事馆颁发的社会奉献大奖。

2013年，食品事业CAFE LUGO，ASHLEY开店，Global快时尚品牌MIXXO和SPAO开店。

2012年，收购意大利品牌MANDARINA DUCK，COCCINELLE。

2011年，成立旅行事业部，获得NEW BALANCE（中国）经营 *** 权，与KATE SPADE母公司合作经营，进军奢侈品市场。

2010年，女装品牌ENC、GEROLAMO进驻中国。

2009年，童装品牌CELDEN进驻中国。

2008年，PLORY、WHO.A.U品牌进驻中国。

2007年，衣念（上海）时装贸易有限公司成立。

2006年，PAW IN PAW、PRICH、BODY POPS品牌进驻中国。

2005年，ROEM品牌进驻中国，荣获2005年衣恋集团全球法人评比“更高进步奖”。

2004年，SCOFIELD男装、TEENIE WEENIE和EBLIN三个品牌进驻中国。

2003年，E∙LAND KIDS品牌进驻中国，宇旭时装（上海）有限公司成立。

2001年，SCOFIELD女装品牌进驻中国。

2000年，上海销售排名靠前，稳定上海、北京市场，开始全国性扩张。

1996年，E∙LAND品牌在上海东方商厦开出之一家专卖店。

1994年，衣恋时装（上海）有限公司成立。

参考资料来源：THE E·LAND GROUP-衣恋集团

参考资料来源：THE E·LAND GROUP官网-衣恋旗下品牌

有谁有cafe lugo的一些相关介绍吗？它和Starbucks还有Costa有什么不同吗？

Lugo咖啡又名Café Lugo，是一家以家庭烘焙和意式浓缩为特色的咖啡厅, 兼营各类蛋糕点心。不同于星巴克或者Costa咖啡，Café Lugo除了提供引进自哥伦比亚、肯尼亚及巴西的优质咖啡豆，更是将提出了现场烘焙(roastery cafe)的概念，将最新鲜的咖啡豆呈献给注重生活格调、品味人生的资深咖啡客们。

cafe lugo起源哪个国家

Lugo咖啡又名Café Lugo，是一家以家庭烘焙和意式浓缩为特色的咖啡厅，兼营各类蛋糕点心。不同于星巴克或者Costa咖啡，Café Lugo除了提供引进自哥伦比亚、肯尼亚及巴西的优质咖啡豆，更是将提出了现场烘焙(roastery cafe)的概念，将最新鲜的咖啡豆呈献给注重生活格调、品味人生的资深咖啡客们。 品牌定位 Lugo咖啡的品牌定位在为资深咖啡客提供最新鲜更高

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